1，清洗效果方面
　　有機溶劑采用的是直接溶解所以超聲波清洗速度快，周期短，效果直接，徹底，但清洗后一定時(shí)間內會(huì )有氯離子殘留。水基清洗是采用洗劑替換的方式，并且是兩次替換（第一次是溶劑替換油污等雜質(zhì)，第二次是純水替換溶劑），替換后還需要烘干，故相對清洗時(shí)間較長(cháng)，但水基清洗后沒(méi)有殘留問(wèn)題，符合ISO9001及14000的要求。
　　2，設備方面：
　　水基溶劑清洗后要用純水漂洗，并需烘干，用電量稍大一些，同時(shí)占地面積相對較大，設備成本也對較高。有機溶劑清洗后用蒸汽漂洗，工位相對較少，需要加裝冷凍機組，耗電量約低于水基清洗設備，它的占地面積相對較小，但高度較高。
　　3，使用成本方面
　　有機溶劑使用原液清洗，雖然可以重復使用，但由于其高揮發(fā)性，及產(chǎn)品的粘附性，其用量十分大。水基溶劑均是兌水使用，單價(jià)雖然約高于有機溶劑，但用量小。水基漂洗需用純水，但純水的制水成本也很低，一噸只有幾分錢(qián)?？偟膩?lái)說(shuō)，水基清洗的使用成本遠遠低于有機溶劑。
　　綜上所述，兩種清洗均能達到清洗效果，水基清洗的使用成本低，安全、環(huán)保、但設備復雜，有機溶劑清洗速度快，設備簡(jiǎn)單，但是不環(huán)保，也存在安全隱患，同時(shí)使用成本相對較高。也有部分產(chǎn)品：如線(xiàn)路板，可以采用有機溶劑進(jìn)行清洗，也可以采用水基清洗劑進(jìn)行清洗，采用哪種方式，就要配備相應的設備。主要是綜合考量。